万方研究生查重支持的文件格式主要包括doc、docx、pdf等常见格式。在选择合适的文件格式时，应根据具体需求来确定。对于文本类作品，建议使用doc或docx格式，方便编辑和查重；对于排版复杂的作品，pdf格式能更好地保持原貌。此外，还应注意文件的完整性和准确性，避免查重时出现误差。

在使用万方研究生查重系统时，需要根据作品的具体情况选择合适的文件格式进行上传。一般来说，doc、docx和pdf是比较常见且被系统支持的格式。在选择文件格式时，应考虑到作品的内容结构和排版要求，以确保查重结果的准确性和完整性。此外，还需留意文件的编码格式，避免因编码问题导致查重失败或结果不准确。