万方查重系统研究生版在保护用户隐私方面采取了多项措施。首先，系统严格遵守相关法律法规，保障用户信息安全；其次，系统采用加密传输技术，确保用户上传的文献数据在传输过程中不被窃取；另外，系统设有严格的权限管理机制，只有授权人员才能查看用户上传的文献，有效保护用户隐私。

此外，万方查重系统研究生版还对用户数据进行匿名化处理，确保用户个人信息不会被泄露；同时，系统定期进行安全漏洞扫描和修复，保障系统的安全性；最后，万方查重系统研究生版会定期对用户隐私保护政策进行更新，以适应法律法规的变化，全面保护用户隐私安全。